- Simplify Makefile

- Use tab instead of space
- Sort PLIST
- Pass maintainership to perl@

2 files changed, 130 insertions, 135 deletions

diff --git a/biology/p5-bioperl-run/Makefile b/biology/p5-bioperl-run/Makefile
index bfae420c62d1..2166c4ffb5e0 100644
--- a/biology/p5-bioperl-run/Makefile
+++ b/biology/p5-bioperl-run/Makefile
@@ -7,7 +7,7 @@ PORTREVISION=	1
 CATEGORIES=	biology perl5
 PKGNAMEPREFIX=	p5-
 
-MAINTAINER=	ports@FreeBSD.org
+MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
 COMMENT=	Wrapper modules for common bioinformatics tools
 
 LICENSE=	ART10 GPLv3
@@ -19,16 +19,15 @@ BUILD_DEPENDS=	p5-bioperl>=1.6.0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
 		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
 		p5-File-Sort>=0:${PORTSDIR}/misc/p5-File-Sort \
 		p5-Config-Any>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Config-Any
-
 RUN_DEPENDS:=	${BUILD_DEPENDS}
 
 CONFLICTS=	p5-bioperl-run-1.[13579]*
 
 USES=		perl5
-USE_GITHUB=     yes
-GH_ACCOUNT=     bioperl
+USE_GITHUB=	yes
+GH_ACCOUNT=	bioperl
 GH_COMMIT=	96ccd93
-GH_TAGNAME=     ${GH_COMMIT}
+GH_TAGNAME=	${GH_COMMIT}
 
 USES=		perl5 shebangfix
 USE_PERL5=	modbuild
@@ -41,8 +40,6 @@ SHEBANG_FILES=	scripts/bioperl_application_installer.PLS \
 
 OPTIONS_DEFINE=	DOCS
 
-.include <bsd.port.options.mk>
-
 post-build:
 	cd ${WRKSRC} && ${PERL} ./Build manifest
 
@@ -50,11 +47,9 @@ post-install:
 .for i in bioperl_application_installer multi_hmmsearch panalysis papplmaker run_neighbor run_protdist
 	${CP} ${WRKSRC}/scripts/${i}.PLS ${STAGEDIR}${PREFIX}/bin/bp_${i}
 .endfor
-.if ${PORT_OPTIONS:MDOCS}
 	${MKDIR} ${STAGEDIR}${DOCSDIR}
 .for doc in AUTHORS Changes INSTALL.PROGRAMS README
 	${INSTALL_DATA} ${WRKSRC}/${doc} ${STAGEDIR}${DOCSDIR}
 .endfor
-.endif
 
 .include <bsd.port.mk>
diff --git a/biology/p5-bioperl-run/pkg-plist b/biology/p5-bioperl-run/pkg-plist
index 75240a9a539a..51b2742be490 100644
--- a/biology/p5-bioperl-run/pkg-plist
+++ b/biology/p5-bioperl-run/pkg-plist
@@ -4,132 +4,6 @@ bin/bp_panalysis
 bin/bp_papplmaker
 bin/bp_run_neighbor
 bin/bp_run_protdist
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::ESoap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::ESoap::WSDL.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::DocSumAdaptor.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor::seq.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor::species.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::GQueryAdaptor.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::LinkAdaptor.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::SoapEUtilities::Result.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Factory::EMBOSS.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::Clustalw.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::EMBOSS.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::Generic.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::Hyphy.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::Muscle.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::PAML.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::Probcons.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::SLR.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Installer::TCoffee.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Amap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Blat.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::DBA.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::MSAProbs.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Proda.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Analysis.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Analysis::soap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::AnalysisFactory.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::AssemblerBase.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::BEDTools.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::BEDTools::Config.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::BWA.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::BWA::Config.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::BlastPlus.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Bowtie.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Bowtie::Config.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Cap3.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Coil.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::EMBOSSacd.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::ERPIN.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Ensembl.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Eponine.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::FootPrinter.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Genemark.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Genewise.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Genscan.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Glimmer.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Hmmer.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Infernal.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::MCS.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Maq.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Maq::Config.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Match.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Mdust.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Meme.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Minimo.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Newbler.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phrap.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::BatchFile.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::LVB.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::SLR.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Primate.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Primer3.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Prints.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Profile.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Promoterwise.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Pseudowise.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::RNAMotif.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::RepeatMasker.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Samtools.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Samtools::Config.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Seg.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Signalp.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Simprot.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus::BlastMethods.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::TigrAssembler.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Tmhmm.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::TribeMCL.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::Vista.3.gz
-%%PERL5_MAN3%%/Bio::Tools::Run::tRNAscanSE.3.gz
 %%SITE_PERL%%/Bio/DB/ESoap.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/DB/ESoap/WSDL.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/DB/SoapEUtilities.pm
@@ -257,6 +131,132 @@ bin/bp_run_protdist
 %%SITE_PERL%%/Bio/Tools/Run/TribeMCL.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Tools/Run/Vista.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Tools/Run/tRNAscanSE.pm
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::ESoap.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::DB::ESoap::WSDL.3.gz
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