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author | az <az@FreeBSD.org> | 2014-01-05 20:07:20 +0800 |
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committer | az <az@FreeBSD.org> | 2014-01-05 20:07:20 +0800 |
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- support stage
Diffstat (limited to 'biology')
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-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Das/pkg-plist | 25 | ||||
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-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Glite/pkg-plist | 1 | ||||
-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Phylo/Makefile | 119 | ||||
-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist | 117 |
6 files changed, 143 insertions, 135 deletions
diff --git a/biology/p5-Bio-Das/Makefile b/biology/p5-Bio-Das/Makefile index 9877aa0468c5..1d4072d3d466 100644 --- a/biology/p5-Bio-Das/Makefile +++ b/biology/p5-Bio-Das/Makefile @@ -19,17 +19,4 @@ BUILD_DEPENDS:= ${RUN_DEPENDS} USES= perl5 USE_PERL5= configure -MAN3= Bio::Das.3 Bio::Das::AGPServer::Config.3 Bio::Das::AGPServer::Daemon.3 \ - Bio::Das::AGPServer::Parser.3 Bio::Das::AGPServer::SQLStorage.3 \ - Bio::Das::AGPServer::SQLStorage::CSV::DB.3 \ - Bio::Das::AGPServer::SQLStorage::MySQL::DB.3 \ - Bio::Das::DSN.3 Bio::Das::Feature.3 Bio::Das::FeatureIterator.3 \ - Bio::Das::HTTP::Fetch.3 Bio::Das::Map.3 Bio::Das::Request.3 \ - Bio::Das::Request::Dnas.3 Bio::Das::Request::Dsn.3 \ - Bio::Das::Request::Entry_points.3 Bio::Das::Request::Feature2Segments.3 \ - Bio::Das::Request::Sequences.3 Bio::Das::Request::Stylesheet.3 \ - Bio::Das::Request::Types.3 Bio::Das::Segment.3 Bio::Das::Stylesheet.3 \ - Bio::Das::Type.3 Bio::Das::TypeHandler.3 Bio::Das::Util.3 - -NO_STAGE= yes .include <bsd.port.mk> diff --git a/biology/p5-Bio-Das/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Das/pkg-plist index 74720fe91ed8..285c653bc231 100644 --- a/biology/p5-Bio-Das/pkg-plist +++ b/biology/p5-Bio-Das/pkg-plist @@ -26,6 +26,31 @@ %%SITE_PERL%%/Bio/Das/AGPServer/SQLStorage/CSV/DB.pm %%SITE_PERL%%/Bio/Das/AGPServer/SQLStorage/MySQL/DB.pm %%SITE_PERL%%/Bio/Das/HTTP/Fetch.pm +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::Config.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::Daemon.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::Parser.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::SQLStorage.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::SQLStorage::CSV::DB.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::AGPServer::SQLStorage::MySQL::DB.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::DSN.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Feature.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::FeatureIterator.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::HTTP::Fetch.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Map.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Dnas.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Dsn.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Entry_points.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Feature2Segments.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Sequences.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Stylesheet.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Request::Types.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Segment.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Stylesheet.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Type.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::TypeHandler.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Das::Util.3.gz @dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Das @dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Das/Request @dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio/Das/HTTP diff --git a/biology/p5-Bio-Glite/Makefile b/biology/p5-Bio-Glite/Makefile index 4f4ae3f0fd05..72cc005a3ff8 100644 --- a/biology/p5-Bio-Glite/Makefile +++ b/biology/p5-Bio-Glite/Makefile @@ -17,7 +17,4 @@ RUN_DEPENDS:= ${BUILD_DEPENDS} USES= perl5 USE_PERL5= configure -MAN3= Bio::Glite.3 - -NO_STAGE= yes .include <bsd.port.mk> diff --git a/biology/p5-Bio-Glite/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Glite/pkg-plist index 7334c1e52566..861f941b4e61 100644 --- a/biology/p5-Bio-Glite/pkg-plist +++ b/biology/p5-Bio-Glite/pkg-plist @@ -1,5 +1,6 @@ %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Glite/.packlist %%SITE_PERL%%/Bio/Glite.pm +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Glite.3.gz @dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio/Glite @dirrmtry %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio @dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile index ad88ec6ef496..6e07cfade123 100644 --- a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile +++ b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile @@ -30,125 +30,6 @@ TEST_DEPENDS= p5-JSON>=0:${PORTSDIR}/converters/p5-JSON USES= perl5 USE_PERL5= configure -MAN3= Bio::Phylo.3 \ - Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \ - Bio::Phylo::Factory.3 \ - Bio::Phylo::Forest.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Node.3 \ - Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \ - Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \ - Bio::Phylo::Generator.3 \ - Bio::Phylo::IO.3 \ - Bio::Phylo::Identifiable.3 \ - Bio::Phylo::Listable.3 \ - Bio::Phylo::ListableRole.3 \ - Bio::Phylo::Manual.3 \ - Bio::Phylo::Matrices.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \ - Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Entities.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Fastq.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Phylip.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Tnrs.3 \ - 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Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Cdao.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Html.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Json.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Rss1.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist.3 \ - Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \ - Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int.3 \ - Bio::Phylo::Util::Dependency.3 \ - Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \ - Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \ - Bio::Phylo::Util::Logger.3 \ - Bio::Phylo::Util::MOP.3 \ - Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \ - Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \ - Bio::PhyloRole.3 - -NO_STAGE= yes post-patch: @${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist index ccacd31eb8dc..7653911b7ce1 100644 --- a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist +++ b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist @@ -122,6 +122,123 @@ %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm %%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Factory.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Node.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Tree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Generator.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::IO.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Identifiable.3.gz 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