blob: 394ff80508e613af9b5b1c7cada4265c2d9f4331 (
plain) (
blame)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
|
# New ports collection makefile for: p5-bioperl-run
# Date created: 21 February 2006
# Whom: Mauricio Herrera Cuadra <mauricio@arareko.net>
#
# $FreeBSD$
#
PORTNAME= bioperl-run
PORTVERSION= 1.6.1
PORTREVISION= 3
CATEGORIES= biology perl5
MASTER_SITES= http://bioperl.org/DIST/ \
CPAN
PKGNAMEPREFIX= p5-
DISTNAME= BioPerl-run-${PORTVERSION}
MAINTAINER= mauricio@arareko.net
COMMENT= Wrapper modules for common bioinformatics tools
BUILD_DEPENDS= p5-bioperl>=1.6.0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
${SITE_PERL}/IPC/Run.pm:${PORTSDIR}/devel/p5-IPC-Run \
${SITE_PERL}/Algorithm/Diff.pm:${PORTSDIR}/devel/p5-Algorithm-Diff
RUN_DEPENDS= ${BUILD_DEPENDS}
CONFLICTS= p5-bioperl-run-1.[13579]*
PERL_MODBUILD= YES
WRKSRC= ${WRKDIR}/BioPerl-run-1.6.0
MAN1= bp_bioperl_application_installer.pl.1 \
bp_multi_hmmsearch.pl.1 \
bp_panalysis.pl.1 \
bp_papplmaker.pl.1 \
bp_run_neighbor.pl.1 \
bp_run_protdist.pl.1
MAN3= Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram.3 \
Bio::Tools::Run::Simprot.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::LVB.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Amap.3 \
Bio::Tools::Run::Tmhmm.3 \
Bio::Tools::Run::TigrAssembler.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml.3 \
Bio::Installer::Probcons.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4.3 \
Bio::Tools::Run::Analysis.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base.3 \
Bio::Tools::Run::Meme.3 \
Bio::Tools::Run::MCS.3 \
Bio::Tools::Run::Eponine.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign.3 \
Bio::Tools::Run::TribeMCL.3 \
Bio::Tools::Run::Analysis::soap.3 \
Bio::Factory::EMBOSS.3 \
Bio::Installer::Clustalw.3 \
Bio::Tools::Run::Seg.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons.3 \
Bio::Tools::Run::RepeatMasker.3 \
Bio::Installer::TCoffee.3 \
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory.3 \
Bio::Tools::Run::Cap3.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Blat.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase.3 \
Bio::Tools::Run::Coil.3 \
Bio::Tools::Run::Promoterwise.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal.3 \
Bio::Tools::Run::ERPIN.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL.3 \
Bio::Tools::Run::Genscan.3 \
Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest.3 \
Bio::Tools::Run::Match.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby.3 \
Bio::Tools::Run::Vista.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC.3 \
Bio::Tools::Run::Mdust.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Proda.3 \
Bio::Installer::SLR.3 \
Bio::Tools::Run::Primate.3 \
Bio::Tools::Run::Infernal.3 \
Bio::Tools::Run::Genemark.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf.3 \
Bio::Tools::Run::EMBOSSacd.3 \
Bio::Tools::Run::Hmmer.3 \
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan.3 \
Bio::Installer::EMBOSS.3 \
Bio::Tools::Run::Phrap.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle.3 \
Bio::Tools::Run::tRNAscanSE.3 \
Bio::Tools::Run::Glimmer.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot.3 \
Bio::Installer::PAML.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit.3 \
Bio::Installer::Hyphy.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons.3 \
Bio::Tools::Run::Signalp.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist.3 \
Bio::Installer::Generic.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::SLR.3 \
Bio::Tools::Run::FootPrinter.3 \
Bio::Tools::Run::Genewise.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars.3 \
Bio::Tools::Run::RNAMotif.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign.3 \
Bio::Tools::Run::Primer3.3 \
Bio::Tools::Run::Profile.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree.3 \
Bio::Tools::Run::Pseudowise.3 \
Bio::Tools::Run::Alignment::DBA.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy.3 \
Bio::Tools::Run::Ensembl.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml.3 \
Bio::Installer::Muscle.3 \
Bio::Tools::Run::Prints.3 \
Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL.3
# now install all extra stuff (docs, examples, scripts)
post-install:
${MKDIR} ${DATADIR}
@${CP} -Rv ${WRKSRC}/scripts ${DATADIR}
.if !defined(NOPORTDOCS)
${MKDIR} ${DOCSDIR}
.for doc in AUTHORS Changes INSTALL.PROGRAMS README
${INSTALL_DATA} ${WRKSRC}/${doc} ${DOCSDIR}
.endfor
.endif
.include <bsd.port.mk>
|
